Научници са Универзитета у Санкт Петербургу, alma mater руског председника Владимира Путина, настављају научну битку са коронавирусом, те развијају нове алате који ће помоћи да се разоружа не само Covid-19, него и његови сродници. Дакле, биоинформатички Центар за алгоритамску биотехнологију Државног универзитета Санкт Петербург, заједно са колегама са Калифорнијског универзитета у Сан Дијегу, представио је асемблер metaviralSPAdes - нови метод који омогућује да се пронађе и састави геном вируса међу многим другим низовима.
Развој ће помоћи бржем и практичнијем дешифровању генома патогена, што значи да ће омогућити брзи почетак развоја тестних система и вакцина против опасних инфекција. Научни чланак објављен је у часопису Bioinformatics.
Када се човечанство суочи са новим вирусом, биолози пре свега требају да дешифрују његов геном, што је неопходно као услов за даљу дијагнозу болести и развој вакцине. Међутим, ако је потребно секвенцирање током избијања новог патогена, појављује се проблем. На пример, пљувачка пацијента са Covid-19, која је коришћена за прво декодирање коронавируса SARS-CoV-2, садржи геноме многих других, у већини случајева, безопасних вируса. Да не спомињемo стотине бактерија које живе у људским устима и отежавају претрагу вирусних низова.
Овај пример показује колико је важно бити у стању решити много сложенији рачунски проблем од дешифровања једног јединог генома - прикупљање метагенома, скупова стотина различитих генома микроорганизама који живе у истом окружењу. Тешкоћа лежи у чињеници да као резултат таквог рада можете добити хиљаде секвенци, међу којима ће бити фрагмената генетског кода и вируса и бактерија, а који се подаци односе на жељени патоген, врло је тешко разумети.
Поред тога, научници ће неминовно имати и други задатак - секвенцирање метавирома - чија је суштина да се тачно идентификују вирусне секвенце скривене међу много дужим фрагментима бактерија. Тада ће биоинформатика буквално постепено прикупити комплетни геном вируса, који је постао кривац епидемије.
Донедавно, истраживачи нису имали посебну методу која би омогућила прикупљање вирусних метагенома. Међутим, група руских и америчких научника са Државног универзитета у Санкт Петербургу и Калифорнијског универзитета у Сан Дијегу развила је МetaviralSPAdes анализу резултата секвенцирања метавирома што ју је претварило у једноставан задатак. Биолози и даље не могу читати читав геном на исти начин као што читамо књигу, од почетка до краја. Уместо тога, они читају мале фрагменте, тако да склапање генома није много другачије од састављања загонетке од милион фрагмената. Често се овај задатак сматра једним од најкомплекснијих алгоритамских проблема у биоинформатици. Па тако, он се може решити на пример, најчешће коришћени генски филтер SPAdes (Санкт Петербург асемблер), који је такође створио руско-амерички тим научника, данас се користи у готово 9.000 студија. Помоћу њега научници су анализирали патогене који су проузроковали епидемију респираторног синдрома на Блиском истоку (MERS) у Саудијској Арабији, еболу у Конгу, гонореју у Енглеској, менингитис у Гани, денга грозницу на Суматри и десетине других епидемија, које су се појавиле у последњих осам година од настанка SPAdes-а.
Не треба заборавити да је састављање метагенома из 1000 генома много сложеније од састављања секвенце једног генома. У овом случају морате да радите са 1000 засебних загонетки уместо једне - потребно је да сакупите „слику“, чији су фрагменти помешани са милијардама комада из других слагалица. Да би решио овај проблем, пре три године, руско-амерички тим научника развио је SPAdes методу која је, заузврат, постала водећи метагеномски алат. Помоћу ње, вађење вирусних низова из огромне количине података постало је лакше. Међутим, прикупљање са metaviralSPAdes-ом нове генерације може не само да пронађе фрагменте вирусних генома, већ и да из њих састави готову слагалицу - геном патогена.
Пандемија Covid-19 била је позив на узбуну биолозима који проучавају пренос вируса са животиње на човека и подсетила колико је важно проучавање различитих домаћина вируса, попут слепих мишева, који имају невиђен имуни систем који им омогућава да коегзистирају са многим патогенима, а који могу убити људе. Морамо сазнати од чега су слепи мишеви боловали пре, а не после пандемијског налета.
Наравно, попис вирусних генома разних животиња представља сложен рачунски проблем. Међутим, с metaviralSPAdes-ом, биолози сада могу много лакше реконструисати вирусне геноме слепих мишева или било који други потенцијални извор будућих пандемија.
У Русији је конструисан прототип будућег тркачког аутомобила Rossa, дизајнираног специјално за тркачку стазу
Руски председник је изјавио да међу људима постоји „растуће поверење“ у нову технологију
2023-11-24 17:14:05
Пекинг тежи самоодрживости у важним технолошким секторима
2023-10-25 15:31:05
Алексеј Екимов је био део три истраживача награђених за откривање и развој технологије квантних тачака
2023-10-04 23:28:45
Сви системи на аутоматској међупланетарној станици Луна-25 раде нормално, саопштила је руска свемирска агенција
2023-08-17 18:56:52
Научно-технолошки центар компаније НИС (НТЦ) и Центар за истраживање и развој државне нафтне компаније Сонангол из Анголе (Centro de Pesquisa e Desenvolvimento da Sonangol, S.A. – CPD Sonangol) потписали су Меморандум о разумевању током посете анголске делегације домаћој нафтној компанији.
2023-08-03 19:48:53
Чланови екипе Србије остварили су веома запажен успех на 55. Међународној хемијској олимпијади, која је одржана од 16-25. јула у Цириху, Швајцарска. Урош Полексић из Математичке гимназије у Београду освојио је сребрну медаљу, Јанко Поповић из Математичке гимназије у Београду и Дуња Вуковић из Гимназије „Јован Јовановић Змај” у Новом Саду освојили су бронзане медаље, док је Душан Ђурђевић, ученик Гимназије у Ћуприји, освојио похвалницу.
2023-07-28 18:15:30
На 64. Међународној математичкој олимпијади за ученике средњих школа, која се од 2. до 13. јула одржавала у Чиби (Токио, Јапан), свих шест такмичара олимпијског тима Републике Србије освојили су признања.
2023-07-14 20:21:37
Председник Русије је поздравио учеснике Форума о технологијама будућности
2023-07-09 16:31:44
Придржавање таквих принципа у извозу софтвера Русији ће дати додатне предности у односу на западна решења, изјавила је Наталија Касперска
2023-06-27 12:58:28
Космонаути су започели шетњу свемиром отварањем отвора модула Поиск у 17:24 у четвртак
2023-06-23 01:15:54
У складу са важећим законом, робо-такси ће имати пробног возача у возилу који ће пратити безбедност сваког путовања
2023-06-07 18:15:32
Указ, који је потписао премијер Михаил Мишустин, објављен је у понедељак на званичном сајту правних информација
2023-05-31 01:28:55
Поред анализе негативних последица по здравље људи и екологије европског континента говорило се и о употреби осиромашен уранијума у циљу борбеног дејства и његов испоруке на тло зараћених земаља.
2023-05-30 23:34:28
Одликовање ће бити додељено за заслуге у истраживању свемира
2023-05-28 13:01:28
Проф.др Мирослав Марић, председник Друштва математичара Србије, захвалио је партнерима на подршци коју добијају млади математичари.
2023-05-25 11:51:07
Јелена Беговић, министарка науке, технолошког развоја и иновација у Влади Републике Србије, истакла је значај улагања у науку и образовање и навела НИС као добар пример такве праксе.
2023-05-24 18:18:24
.jpg)
Улаз бесплатан за све посетиоце
2023-05-19 02:52:58
За нас је веома важно да активно радимо на замени стране опреме домаћим еквивалентима, изјавио је заменик председника Савета безбедности Русије
2023-05-17 17:43:01
-min.jpg)
Шеснаести Фестивал науке биће одржан у новом термину, од 17. до 19. маја, у хали 4...
2023-05-16 16:05:50
Највећи регионални научни догађај уз подршку НИС-а
2023-04-27 20:58:23
Београд, 5. април 2023. године
2023-04-06 02:53:49
Нова шанса за младе
2023-02-02 12:26:15
У подршку младим талентима, образовање и науку НИС уложио више од шест милиона евра
2022-12-16 15:20:19
Kомпанија НИС наставила је да проширује круг партнера међу образовним институцијама успостављањем сарадње са Математичким факултетом...
2022-12-08 08:58:38
RSS
