Научници са Универзитета у Санкт Петербургу, alma mater руског председника Владимира Путина, настављају научну битку са коронавирусом, те развијају нове алате који ће помоћи да се разоружа не само Covid-19, него и његови сродници. Дакле, биоинформатички Центар за алгоритамску биотехнологију Државног универзитета Санкт Петербург, заједно са колегама са Калифорнијског универзитета у Сан Дијегу, представио је асемблер metaviralSPAdes - нови метод који омогућује да се пронађе и састави геном вируса међу многим другим низовима.
Развој ће помоћи бржем и практичнијем дешифровању генома патогена, што значи да ће омогућити брзи почетак развоја тестних система и вакцина против опасних инфекција. Научни чланак објављен је у часопису Bioinformatics.
Када се човечанство суочи са новим вирусом, биолози пре свега требају да дешифрују његов геном, што је неопходно као услов за даљу дијагнозу болести и развој вакцине. Међутим, ако је потребно секвенцирање током избијања новог патогена, појављује се проблем. На пример, пљувачка пацијента са Covid-19, која је коришћена за прво декодирање коронавируса SARS-CoV-2, садржи геноме многих других, у већини случајева, безопасних вируса. Да не спомињемo стотине бактерија које живе у људским устима и отежавају претрагу вирусних низова.
Овај пример показује колико је важно бити у стању решити много сложенији рачунски проблем од дешифровања једног јединог генома - прикупљање метагенома, скупова стотина различитих генома микроорганизама који живе у истом окружењу. Тешкоћа лежи у чињеници да као резултат таквог рада можете добити хиљаде секвенци, међу којима ће бити фрагмената генетског кода и вируса и бактерија, а који се подаци односе на жељени патоген, врло је тешко разумети.
Поред тога, научници ће неминовно имати и други задатак - секвенцирање метавирома - чија је суштина да се тачно идентификују вирусне секвенце скривене међу много дужим фрагментима бактерија. Тада ће биоинформатика буквално постепено прикупити комплетни геном вируса, који је постао кривац епидемије.
Донедавно, истраживачи нису имали посебну методу која би омогућила прикупљање вирусних метагенома. Међутим, група руских и америчких научника са Државног универзитета у Санкт Петербургу и Калифорнијског универзитета у Сан Дијегу развила је МetaviralSPAdes анализу резултата секвенцирања метавирома што ју је претварило у једноставан задатак. Биолози и даље не могу читати читав геном на исти начин као што читамо књигу, од почетка до краја. Уместо тога, они читају мале фрагменте, тако да склапање генома није много другачије од састављања загонетке од милион фрагмената. Често се овај задатак сматра једним од најкомплекснијих алгоритамских проблема у биоинформатици. Па тако, он се може решити на пример, најчешће коришћени генски филтер SPAdes (Санкт Петербург асемблер), који је такође створио руско-амерички тим научника, данас се користи у готово 9.000 студија. Помоћу њега научници су анализирали патогене који су проузроковали епидемију респираторног синдрома на Блиском истоку (MERS) у Саудијској Арабији, еболу у Конгу, гонореју у Енглеској, менингитис у Гани, денга грозницу на Суматри и десетине других епидемија, које су се појавиле у последњих осам година од настанка SPAdes-а.
Не треба заборавити да је састављање метагенома из 1000 генома много сложеније од састављања секвенце једног генома. У овом случају морате да радите са 1000 засебних загонетки уместо једне - потребно је да сакупите „слику“, чији су фрагменти помешани са милијардама комада из других слагалица. Да би решио овај проблем, пре три године, руско-амерички тим научника развио је SPAdes методу која је, заузврат, постала водећи метагеномски алат. Помоћу ње, вађење вирусних низова из огромне количине података постало је лакше. Међутим, прикупљање са metaviralSPAdes-ом нове генерације може не само да пронађе фрагменте вирусних генома, већ и да из њих састави готову слагалицу - геном патогена.
Пандемија Covid-19 била је позив на узбуну биолозима који проучавају пренос вируса са животиње на човека и подсетила колико је важно проучавање различитих домаћина вируса, попут слепих мишева, који имају невиђен имуни систем који им омогућава да коегзистирају са многим патогенима, а који могу убити људе. Морамо сазнати од чега су слепи мишеви боловали пре, а не после пандемијског налета.
Наравно, попис вирусних генома разних животиња представља сложен рачунски проблем. Међутим, с metaviralSPAdes-ом, биолози сада могу много лакше реконструисати вирусне геноме слепих мишева или било који други потенцијални извор будућих пандемија.
Србија је произвела 1,5 милиона доза вакцине "Спутњик V", те планира да произведе четири милиона доза...
Руска вакцина "Спутњик V" коначно ће бити одобрена од стране Светске здравствене организације (СЗО) након што...
2021-10-03 09:32:57
Трећа фаза клиничких испитивања руске вакцине "Спутњик V" за пацијенте старије од 60 година је завршена,...
2021-10-01 11:12:24
Математичка гимназија у Београду уручила је компанији НИС плакету за допринос успеху ове образовне установе. Плакета...
2021-09-27 18:09:00
Уџбеник руског језика „Ни пуха ни пера!“, који је издао Центар Руског географског друштва у Србији,...
2021-09-23 19:21:54
Академци, искористите своју шансу!
2021-09-17 13:28:35
Шеф УН-а за људска права позвао је на мораторијум на употребу одређених технологија вештачке интелигенције, попут...
2021-09-16 08:39:42
Летна испитивања првог руског сателита "Арктика М" за праћење климе арктичког региона су завршена, космичка летелица...
2021-09-07 08:26:30
Ослушкујући потребе младих генерација, компанија НИС ће други пут ове године реализовати програм „NIS Calling“ у...
2021-09-02 12:17:33
Ненад Поповић је гостујући у Јутарњем дневнику РТС-а навео да су вакцине потпуно истог квалитета као...
2021-09-01 11:09:27
Директор Научно-истраживачког центра "Гамалеја" и творац руске вакцине "Спутњик V" Александар Гинцбург изјавио је у Бањалуци...
2021-08-27 09:57:23
Дмитриј Рогозин, генерални директор "Роскосмоса", рекао је да се пас Николас, који је учествовао у експериментима...
2021-08-26 10:00:28
Пекинг је ставио кочницу на своје учешће у истрази Светске здравствене организације (СЗО) о пореклу коронавируса,...
2021-07-22 10:00:59
Ученица Основне школе „Руђер Бошковић“ из Београда, Нађа Весић, освојила је друго место на Светској смотри...
2021-07-19 07:22:43
Шта желите да гледате? Па, ако је одговор филм или ТВ емисија на страном језику, а...
2021-07-17 11:23:39
Научници Државног научног центра (СРЦ) за вирологију и биотехнологију „Вектор“ Роспотребнадзора открили су да водени екстракт...
2021-07-16 11:47:29
Светска здравствена организација (СЗО) упозорава да је пандемија коронавируса ушла у „рану фазу трећег таласа“, јер...
2021-07-15 13:41:54
Приликом истраживања вакцине „Спутњик V“ утврђено је да она нема негативан утицај ни на трудноћу ни на...
2021-07-15 13:02:40
На данашњи дан рођен је Никола Тесла, највећи српски научник и један од најзначајнијих светских проналазача....
2021-07-10 17:54:59
Министар без портфеља у Влади Републике Србије задужен за иновације и технолошки развој и председник Међувладиног...
2021-07-05 06:45:15
Изгледа да Јакутију слободно можемо назвати непресушним природним „фрижидером“ у коме научници сваке године проналазе по...
2021-07-04 09:48:36
У свечаној сали Дома Војске Србије на тематској трибини промовисана je монографија "Истина о последицама НАТО...
2021-06-30 08:07:35
Произвођачи прве на свету, руске вакцине против коронавируса "Спутњик V", рекли су да њихова формула нуди...
2021-06-29 16:19:12
Компанија НИС наставља са подршком здравственим установама широм Србије данашњим уручењем донације Институту за онкологију и...
2021-06-23 18:02:12
У рејону источносибирског насеља Батагај у Јакутији научници су пронашли вечити лед. Његова старост се процењује на 650 хиљада година, наводи се на сајту владе Републике Саха.
2021-06-19 07:34:30
RSS
